שלום
זו בעיה מוכרת, ולכן מומלץ שמי שאין לו ידיעה ברורה בהלכות סת"ם שלא יתעסק בזה, שבקלות יכול לפסול את הס"ת.
מעבר לכך שפעמים ואדם מתקן וגורד באופנים שהדבר אסור, ועובר על חק-תוכות, כגון שנדבקו האותיות כו למעלה בראשם, ונדמה כמ', או שני זיינין זז ונדמו כח' – במצבים כאלה אסור להפריד שהרי בכך כותב מכח חקיקה ולא מכח כתיבה, וזה פוסל את הספר תורה.
בכל אופן לענייננו שמדובר בדיבוק שמותר להפריד – שאינו חק תוכות, וכל הבעיה רק בלשמה – דבר זה כבר נידון בפוסקים והכשירו זאת בדיעבד.
כך פוסק הגר"ע יוסף זצ"ל [ציטוט דבריו בהמשך], הגר"מ שטרנבוך [סת"ם כהלכתן, פי"א עמ' קיב],

ציטוט פסקו של מרן הגר"ע יוסף זצ"ל, מילקו"י אוה"ח ב' סי' ל"ב עמ' תקל"ח, וז"ל:
בדבר שאלתך שלפני זמן מה היית בודק ומגיה ספרי תורה לקרוא בהם מידי שבת בשבתו, ולא ידעת שצריך לומר ״לשם קדושת ספר תורה״ בבואך לתקן, ותיקנת בכמה מקומות בספר תורה, בדיבוק פירודים ובפירוד דיבוקים, וגם לפעמים היית צריך לשנות אות ה׳ לאות ת וכיוצא בזה, וכל זאת מבלי לומר לשם קדושת ספר תורה, ולבך הומה מאד על המכשלה שבאה לידך.
והנה בודאי שבשעה שבאת לתקן את הספר תורה, היה במחשבתך להכשיר את הספר תורה לקרוא בו בשבת, אלא שלא אמרת בפיך "לשם קדושת ספר תורה". ובזה רבו הדיעות בפוסקים. שלדעת הרדב״ז (סי' קנ) די במחשבה ואין צריך אמירה בפה, והובא להלכה בפתחי תשובה (אגז העזר סי' קלא), והוסיף שכן פסק הגאון רבי מנחם עזריה מפאנו בתשובה (סי׳ עד). ע״ש.
אבל מדברי מרן בש״ע (אי׳׳ח סי־ לב סעיף יט) משמע שצריך לומר בפיו גם לעיכובא. ולכן כתב על זה הרמ״א: ״ויש אומרים דסגי במחשבה שכותב את האזכרות לשמן וכו'״. וכן כתב הבית חדש שם, שיש להקל בדיעבד במחשבה בלבד, ושלא כדברי הב״י שפוסל אף בדיעבד אם לא הוציא בפיו. ע״ש. וראה בשו״ת זית רעק חלק ב׳ (0י׳ כד), ובשו׳׳ת שם אריה (דף קלא עמוד ב) ובשו״ת זכר יהודה (סי׳ ט). ובשו״ת זבחי צדק חלק ב׳ (סי׳ ז). ואכמ״ל. ועל כל פנים כיון שלא יצא הדבר מידי מחלוקת הפוסקים, יש לצרף בזה שיטת הרמב״ם בתשובה, שאין חשש ברכה לבטלה כשקוראים בספר תורה פסול, שהרי אין נוסח הברכה שמברך על הספר תורה שעומד לפניו, אלא בדרך כלל, ושכן נהגו בפני גאוני עולם לברך על ספרי תורה פסולים. והובאו דבריו בכסף משנה (פרק י מהלכות ספר תורה הלכה א). וכן כתב רבינו אברהם בר יצחק אב״ד נרבונה בספר האשכול חלק ב׳ (הלכות ספר תורה סי טו עמוד נב. וכן נראה מדברי ספר חסידים (הוצאת מקיעי נרדמים סי׳ תפט ). ע״ש. גם רבינו אליהו מזרחי בשו״ת הרא״ם חלק א (סי־ י) כתב, שגאוני נרבונא וכמה גדולים אחדים סוברים בזה כשיטת הרמב״ם, וכן הוא מורה הלכה למעשה, כי דברי הרמב״ם בזה הם דברי טעם וסברא וראויים לסמוך עליהם לברך אף על ספר תורה פסול וכו'. ע״ש. וראה להגאון רבי יעקב בי רב שהובא בב״י (יורה דעה סי־ רעט ד״ה ומ״ש). גם הגאון מליסא בסידור דרך החיים צירף שיטת הרמב״ם הנ׳׳ל לנידונו. וכן כתב בשו״ת בנין עולם (חלק יורה דעה סי׳ נו). וע׳׳ע להגאון רבי שלמה קלוגר בשו׳׳ת סת״ם (שבסוף ספר שנות חיים סי׳ עה), ובשו״ת נשאל דוד (חלק יורה דעה דף קו ע״ב ), ובשו״ת מהר״ם שיק (חלק יורה דעה סי׳ רנה ), ובשו״ת מהרש״ם חלק ב׳ (סי׳ פח.
ולכן בדיעבד אין לפסול הספר תורה כיון שלא ידוע היכן התיקונים. ומכאן ולהבא לחושבנא טבא.
ומכל מקום בשבת פרשת זכור, שקריאתה היא מן התורה, יש להקפיד לקרוא מתוך ספר תורה כשר לכל הדיעות, וכמבואר בספר לקט יושר, וכן כתב הגאון רבי יצחק אלחנן בשו״ת עין יצחק (חלק או"ח סי׳ א). עכ"ל. [א.ה. בשולי הדברים – זה נכון לבני ספרד ואשכנז, אך בני תימן שפוסקים כהרמב"ם שאין מצות עשה מן התורה לקרוא פרשת זכור דוקא מתוך ס"ת יכולין להקל ולקרות בספר זה אף בפרשת זכור].