שלום
אתה שואל שאלה טובה.
א. האורל"צ נוקט שהאיסור של וידוי אחר וידוי הוא כשאין ביניהם הפסק של חצי שעה. אך אם הפסיק חצי שעה – הדבר מותר. [כגון לאחר הסליחות שאומר תיקון חצות, אם היה יותר מחצי שעה – יוכל להתוודות שנית].
ב. במקרה שלך אין אמנם חצי שעה, אך יש סיבה אחרת שמצריכה אותך לומר וידוי שנית – 
על פי ההלכה הנכנס לביהכ"נ ורואה ציבור שמתוודין – מתוודה עמהן. וכאן כלל הציבור מתוודין בחזרת הש"ץ – ולכן עליו להתוודות עמהן.
וכתב כה"ח [קלא – יג] שהיות וצריך להתוודות עם הציבור אין כאן את החשש לדברי האריז"ל, שדבריו נאמרו רק כשאדם חוזר מאליו, ולא מחמת הציבור. [וע"ע מים חיים על הבא"ח ח"א עמ' שג].
ג. וע"ע בשו"ת נשמע קולם [ללוש, עמ' 106] שכתב לחלק עוד בין וידויים שאדם מתוודה מעצמו למצוות תשובה, לוידויים שתקנו לנו על סדר התפילה, שלגביהם לא דיבר האריז"ל.