שלום
הגמ' בר"ה לב: נותנת דוגמאות ל'שופרות' של פורענות לעכו"ם, ממה שכתוב "וה' אלקים בשופר יתקע והלך בסערות תימן" [ה' הולך בסערה להחריב את ארץ תימן – ארצות הדרום]. וממשיכה הגמ' "וכתיב ה' צבאות יגן עליהם" ע"כ. הפסוק הזה הוא המשך לפסוק הקודם: וְהָלַךְ בְּסַעֲרוֹת תֵּימָן. ה' צְבָאוֹת יָגֵן עֲלֵיהֶם וגו'.
ומבאר שם הטורי אבן שהיות ובפסוק זה לא מבוארת טובה שתצמח לצדיקים מפורענות הרשעים [בשונה משאר הפסוקים שהובאו בעמוד שם], לכן המשיך הפסוק הבא "ה' צבאות יגן עליהם" ששם אכן ממשיך הכתוב את הגנת הצדיקים מכל רע.
לעומת זאת הרש"ש מבאר שהתוספת הזו בגמ' באה להוכיח, שהתקיעה בפסוק הקודם היא אכן פורענות ורעה, מכך שבפסוק הבא אחריו מוזכר שישראל הוזקקו להגנה – 'ה' צבאות יגן עליכם' בע"כ שהוא פסוק של פורענות. [רק שלפ"ז א"צ להזכירו במוסף, שאינו רק הוכחה בגמ' שאכן מדובר בפסוק פורענות, ומדוע להביאו?].
ומה שאנו מוסיפים ה' צבאות יגן עליהם, ה' צבאות יגן עליכם כו' יגן עלינו – 
כתב האבודרהם – "תקנו לאמרו כאן ומתוך שתקנו לבקש רחמים על העם השוכנים בשאר הארצות תקנו גם כן לבקש רחמים על הקהל. ואומר ה' צבאות יגן עליכם ואחר כך מכניס ש"צ עצמו בכלל הרחמים ואומר ה' צבאות יגן עלינו". עכ"ל.

שמחתי על הביאור, יש להעיר כי הרמב"ם בהביאו פסוקי שופרות אינו מביא את ההמשך ה"צ יגן עליהם, ומאידך בסדר התפילה כן מביאו וצ"ב.

אכן, כיון שאין זה מעיקר פסוקי שופרות, שאין מוזכר בו שופר, אך בכ"ז יש להזכירו, לכן בסדר התפילה הביאו הרמב"ם.
[בנוגע לשאלות נוספות – יש לשאול בפוסט נפרד, או בפוסטים הקשורים לענין – על הפרשה – בפוסט העוסק באותה פרשה וכעזה"ד].