שלום
אמנם בספר הל' חג בחג עמ' תקנ"ד הערה קמט כתב דניעור החרוסת בשבת מן הירק נחשב לבורר.
אולם הגרי"י פוזן שליט"א הביא ראיה שמותר מהא דהשו"ע סי' תע"ה ס"א כתב לנער החרוסת, ולא כתב שבשבת יזהר שלא יעשה כן. ואף הפוסקים לא הזהירו על זה. וכן כתב להתיר בספר מנחת איש על הל' שבת עמ' ס"ב כשמשאיר חלק מן החרוסת על הירק. וכן בשו"ת מצות אברך [סי' פה] והביא ראיה מהבא"ח שהתיר לנער הגרעינים מהאבטיח. [ויש לחלק שהגרעינים נבראו עמו ולהרבה פוסקים אין בכך בורר משא"כ כאן]. ועוד שכאן מברר בידו אוכל מתוך אוכל ע"מ לאכול לאלתר כמבואר בשו"ע סי' שיט סע' א.
וכן פסק בשו"ת ציץ אליעזר [חי"ז ס"א] הן משום שעושה כן משום קיום המצוה וגם לא איכפת לו איזה חלק ינוער מהחרוסת, ואף הוכיח כן מהבא"ח הנ"ל, ועוד ע"פ הא"א מבוטשאטש שכשאוחז הפרי בידו ומנער גרעינו נקרא שבורר האוכל מהפסולת שהרי האוכל נותר בידו.
וכן כתב הגרב"צ פלמן שהמנהג שאין מקפידים בזה, [הגם שלכשעצמו נותר בצ"ע].
ולכן לסיכום – 
מותר לנער החרוסת מן המרור אף בשבת ואין לחשוש בזה לבורר כלל.