שלום
לגבי הרהור במי שאין ידיו נקיות – פסק בבה"ל [ס' צ"ב ס"ז] שמותר, אלא אם כן ידיו מטונפות ממש בצואה וכד'. [וכ"כ הפמ"ג, הגרעק"א, כה"ח ועוד. והגם שבמס"י כתב אחרת, אין המס"י ספר הלכה אלא מוסר].
לגבי הרהור בד"ת בשעת תשמיש – 
הביאור הלכה פסק על פי 'עבודת היום' שמותר להרהר בדברי תורה בשעת תשמיש.
רק שדבר זה לא לגמרי ברור, כיוון שהרמ"א [סי' עו ס"ד] פסק שש"ז דינו כצואה, ואם כן, לכאורה ייאסר אף בהרהור.
יש שחילקו ואמרו כיון שהש"ז מכוסה אין איסור הרהור. יש שחילקו [שו"ת אמרי אש אייזנשטיין ס"ג אות יא] שש"ז כצואה רק לאחר תשמיש, אבל בשעת תשמיש אין בו טומאה ואדרבה מקיים בזה מצוה. 
מכל מקום גם אם לא נקבל את החילוקים, בכל אופן הדבר יהיה מותר כיון שהמג"א והגר"א חולקים על הרמ"א וס"ל שש"ז אינה כצואה.