אשמח אם תצטט את לשון הרמב"ם בו הוא כותב שי"ג מידות הן הלכה למשה מסיני.

לכן ביקשתי שתצטט – כיון שאם לא שמת לב – ברמב"ם כתוב בדיוק הפוך.
"רצו לומר, העניינים שנוכל להוציאם בכלל ופרט ובשאר י"ג מידות, והם מקובלים מפי משה מסיני, וכולם אע"פ שהם מקובלים מפי משה, לא נאמר בהם הלכה למשה מסיני, שאין לומר פרי עץ הדר, הוא אתרוג, הלכה למשה מסיני, או חובל בחברו משלם ממון, הלכה למשה מסיני, שכבר נתברר לנו, שאלו הפירושים כולם מפי משה,
מעבר לכך – שאתה הבנת "בכלל ופרט ובשאר י"ג מידות והם מקובלים מפי משה בסיני" שזה חוזר על י"ג מידות, ואין זו כוונת הרמב"ם, אלא כוונתו שהעניינים שנוכל להוציאם בכלל ופרט וכו', אותם העניינים הם הם המקובלים מפי משה בסיני [וזה חוץ ממה שציינתי בתחילה שזה עדיין לא הלכה למשה מסיני].

מחלוקות בחז"ל הן נושא רחב מאד, ולא כאן המקום להאריך בזה.
די שנאמר שמאז הלל ושמאי תמיד היו מחלוקות, ובעצם מאז שבטלה הסנהדרין אליה היה מגיע כל דיון ומקבל הכרעה חד משמעית, נוצרו מחלוקות בחז"ל, וזה דבר לגיטימי, הגם שהוא בעצם מורה שנתמעטו הלבבות והתורה אצלם ככלב הלוקק מן הים הגדול, וכמכחול בשפופרת, מה שמורה על מיעוט התורה במשך הדורות.
עם כל זה לתורה יש מנגנון גיבוי כך שאם חלק מן התורה משתכח ישנה אפשרות להחזירו על ידי לימוד מתוך התורה על ידי המידות שהתורה נדרשת בהם.
ככלל, גם כשיש מחלוקות יש לדעת שאין אנו מדברים לעולם במושגים של אמת ושקר, כיון שכל הדעות הן אמת, שהרי כשמסר הקב"ה את התורה למשה מסר לו מ"ט פנים טהור ומ"ט פנים טמא, כך שכל דעה בחז"ל היא פן בתורה. רק שלצורך הכרעה והנהגה למעשה יש צורך בשיטה אחת, ולכן ישנם כללי פסיקה על מנת להכריע למעשה, אך אין זה אומר ששיטה זו אמת והשיטה הדחויה מן ההלכה ח"ו אינה אמת.
וה' ישיב שופטינו כבראשונה ותשוב להיות תורה אחת ודברים אחדים אכי"ר.

לא כל כך ברורה לי שאלתך. כפי שאתה מבין שניתנו מהבורא מ"ט פנים טהור ומ"ט פנים טמא, מה כל כך קשה להבין שבאותה מידה ניתנו משמים ב' דרכים ללמוד את התורה – דרך כלל ופרט ודרך ריבוי ומיעוט?
כפי שניתנו משמים דרכים רבות ללמוד את התורה – דרך הפשט ודרך הרמז, דרך הדרש ודרך הסוד, כך ניתנו דרך כלל ופרט, ודרך ריבוי ומיעוט. ואם נלמד בדרך אחת – יצא טמא – כאחת מהמ"ט פנים, ואם נלמד בדרך שניה יצא טהור – כאחת מהמ"ט פנים טהור.
הדברים הם פשוטים ואין צורך לסבך את הענין כדי להבינם.